A diretoria do Flamengo decidiu emprestar Mattheus em 2014. O meia, de 19 anos, não está nos planos para integrar o grupo principal. Apesar de ter idade para ficar mais um ano na categoria sub-20, a ideia é que ele ganhe experiência em outra equipe. O jogador está fora do time profissional desde o fim de julho, quando foi mandado de volta aos juniores por Mano Menezes. Pouco antes do meio do ano, ele havia renovado contrato até maio de 2016.

Pelos juniores, o meia participou da última edição da Taça BH, mas caiu com a equipe na primeira fase. Mattheus foi o camisa 10 durante a disputa da Taça OPG, se destacou, marcou dez gols, mas teve um desfecho na competição que não agradou a companheiros e comissão técnica. No segundo jogo da final, diante do Botafogo, na Gávea, no último dia 23, o meia foi substituído por volta dos 15 minutos do segundo tempo. Com atuação apagada, saiu vaiado e demonstrou irritação.

O jogador ficou num banco próximo de onde estavam os reservas, retirou caneleiras e chuteiras e jogou com raiva no gramado. Com cara de poucos amigos, não esboçou nenhuma reação quando o Flamengo fez o segundo gol. A partir daí, gesticulou e bateu boca com o técnico. No terceiro gol do Rubro-Negro, apenas levantou, bateu palmas friamente. No fim, o Alvinegro levou o título nos pênaltis.

Mattheus perdeu espaço no Flamengo em 2013 muito por conta de uma negociação frustrada com o Juventus. A primeira tentativa do clube italiano foi em janeiro, mas não se concretizou. Uma nova investida ocorreu em abril, ficou muito próxima da conclusão, mas também não vingou. A decisão de vender o meia chegou a dividir o departamento de futebol e a diretoria. O Juventus oferecia R$ 5 milhões, mas o vice-presidente de relações externas na época, Flávio Godinho, queria que os italianos pagassem R$ 6 milhões. Não houve acordo, e a renovação ocorreu.

De férias, Mattheus não foi relacionado para participar do Brasileiro sub-20. Ele não entrou em campo pela equipe profissional nesta temporada.