Museu do Flamengo na Gávea tinha uma homenagem especial com as camisas dos garotos vítimas da tragédia do Ninho. Pouco depois do incêndio em 2019, o clube criou um espaço no museu para homenagear os garotos que morreram na tragédia, expondo 10 camisas com os nomes virados para o público em uma emocionante homenagem.

Depois, o clube incluiu na exposição uma camisa do Vasco, que havia prestado homenagem ao Flamengo após a tragédia. Porém, após uma reforma no museu, as camisas que estavam expostas foram guardadas no acervo do clube, sendo considerado que a inauguração da capela ecumênica do Ninho do Urubu, em 2022, cumpre o papel de homenagear os garotos.

Atualmente, não há nada programado para o Museu Flamengo com relação às vítimas do Ninho. Um projeto de expansão estava inicialmente previsto para 2025, porém sem confirmação se haverá menção ao assunto quando isso estiver pronto. O museu atual passa pelos diferentes estágios da história do Flamengo, incluindo taças, camisas de ídolos e espaços destinados a diferentes modalidades esportivas.

O investimento total para a reforma do museu foi de R$ 23 milhões, sendo parte financiada por uma empresa que administra museus de outras equipes e a outra parte por patrocinadores que utilizam recursos de leis de incentivo à cultura e esporte.