Transferido para o Fenerbahce em 2009, Cristian Baroni parace ter sua saída certa ao final da temporada.

Por desgaste com o técnico Ersun Yanal'l, o jogador queria sua transferência para o Roma ou outra equipe europeia. No entanto, de acordo com as informações do site Mynet Spor, Cristian voltará ao Brasil, mais precisamente ao Flamengo, Clube o qual já teria demonstrado interesse no atleta.

Com altos e baixos nessa temporada, Cristian Baroni marcou 3 gols em 13 jogos, além de 4 assistências.