O Atlético-PR volta a ser um adversário marcante para Amaral nesta temporada. O primeiro gol com a camisa rubro-negra foi diante do Furacão, mas antes desse feito, outro confronto diante do time paranaense, pelo Campeonato Brasileiro, já havia simbolizado a inserção de novo do volante ao grupo em um momento em que ele se encontrava na lista dos negociáveis.

Sem chances com Mano Menezes – não vinha sendo nem relacionado para os jogos – Amaral, por meio do empresário Jorge Moraes, foi avisado que estava fora dos planos. Na época, o diretor Paulo Pelaipe informou ao agente que poderia procurar outro clube para encaixar o jogador, pelo menos, até o fim do ano.

A situação gerou um certo desconforto entre as partes e Moraes, então, comunicou ao dirigente que o camisa 40 continuaria no Rubro-Negro, mesmo que fosse apenas para treinar à parte no Ninho do Urubu.

Inicialmente, Amaral continuava fora dos planos de Mano para a partida do dia 19 de setembro, no Maracanã. O técnico, porém, perdeu Diego Silva e Cáceres, e foi obrigado a escalar Val. Então, teve de convocar Amaral para compor o banco de reservas pela primeira vez.

A derrota de virada e a saída do técnico começavam a mudar o destino do volante no Flamengo. Na partida seguinte, diante do Náutico, Jayme de Almeida assumiu interinamente o comando do time e escalou Amaral como titular. Talvez, tenha sido a principal alteração em relação ao time que foi montado por Mano.

Assim como Paulinho, o camisa 40 tornou-se um dos intocáveis do treinador, posteriormente efetivado, e também um dos destaques da reação da equipe na sequência do Campeonato Brasileiro e da Copa do Brasil.

No início desta temporada, o Flamengo esteve perto de perder o jogador. Isso porque o clube precisava adquirir 50% dos direitos econômicos para ficar em definitivo com o volante, que estava emprestado pelo Nova Iguaçu de maio ao fim de 2012. Além de comprar o percentual, o Rubro-Negro ofereceu um contrato até dezembro de 2015 que incluiu reajuste salarial.