O registro de uma marca gerou rusgas entre a Primeira Liga, que reúne clubes do Rio de Janeiro, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul, e a FPF (Federação Paulista de Futebol). Em maio, Pouco menos de um mês depois de o Fluminense se tornar campeão do primeiro torneio organizado pela entidade independente, a federação de São Paulo protocolou no Inpi (Instituto Nacional da Propriedade Industrial) pedido de registro da marca "Primeira Liga de Futebol".

A Liga já se manifestou no processo para que o Inpi negue o registro. Desde novembro de 2015, o Atlético-MG, um dos membros fundadores da organização, detém o registro da marca Primeira Liga", que será transferido ao grupo.

Em nota, Primeira Liga informou "estar estarrecida, que está tomando todas as medidas legais cabíveis para defender seus direitos e que não aceitará em nenhuma hipótese a violação de sua marca".

A FPF, por sua vez, também em comunicado, declarou o seguinte: "'Em maio de 2016, a Federação Paulista de Futebol efetuou junto ao Inpi o registro de dez marcas diferentes, incluindo 'Primeira Liga de Futebol'. Tal medida é comum e rotineira entre as mais variadas entidades e segmentos, inclusive a FPF, para assegurar juridicamente nomenclaturas de projetos e marcas de seu interesse. Atualmente, aliás, há 56 ligas de futebol do Estado de São Paulo registradas na FPF. Portanto, não há conflito".